微波杀菌方法是我们见到最常用的杀菌方法之一，除此之外，我们常见的杀菌方法还有有：巴氏杀菌，高温杀菌，超高温杀菌，红外杀菌，紫外杀菌，高压杀菌，辐照杀菌等。
其中巴氏杀菌设备和高温杀菌锅是比较古老的食品杀菌设备，广泛应用于食品生产中，巴氏，高温，超高温等都是借助热力进行杀菌，所以需要有较高的温度，由于每种产品的传热性都不一样，靠热力杀菌时，导热性好的产品中心温度上升快，杀菌时间较短，杀菌后的产品口味变化不大，对于体积较大，传热性差的产品，杀菌时间长，富含香味的产品口味变化较大。
红外杀菌、紫外杀菌属于辐射杀菌，杀菌时，通过红外，紫外或微波进行辐射杀菌，由于红外和紫外的波长很短，几乎只能停留在物体的表面层，并且热效应又很少，所以红外和紫外只适合于产品的外表层杀菌。
微波杀菌是利用了电磁场的热效应和生物效应共同作用的结果。微波对细菌的热效应是使蛋白质变性，使细菌失去营养、繁殖和生存的条件而死亡。微波比其它用于辐射加热的电磁波，如红外线、远红外线等波长更长，因而有着更强的穿透性。所以微波的杀菌是整体杀菌杀菌较红外，紫外更彻底。
